在恭送女娲娘娘和华胥圣母之后，长老们请伏羲，女娲（以后称人族女娲为女娲，圣人女娲为女娲娘娘或圣母）回华胥部落为首领。伏羲身兼人族众望也不推脱，当即与女娲随长老返回部落。
远远的伏羲等人就发现前方稀稀疏疏的有几间茅草屋，不成规矩，四周连栅栏也没有。走近伏羲发现大部分族人，都身披树叶，只有少数人身披兽皮，没经过裁剪，直接披在身上，只有几个人，像身边的几个长老有些法术傍身，用法术变化衣服穿在身上。族人们有在打磨着石器的，有在树上摘鲜果的，有在钻木取火的，没有一人无所事事。看到长老们回来，也只是头打个招呼，就继续忙自己的去了。长老想把族人们聚起来，向族人们宣布伏羲的事情，被伏羲制止了，“晚上好了，大家忙完休息的时侯。”伏羲如此道。随后伏羲来到长老的茅草屋，将自己关了进去，细细思考部落的发展之路。
傍晚，部落的族人聚在一起，围坐在火堆周围，看着祭祀祈祷明天的好天气。这时长老们围着伏羲来到火堆旁，对族人道：“十几年前，我们部落出了个杰出首领，带领我们来到这个水畔，开荒田，止洪水，斩邪妖，令我们扎根在此，并且让我们的部落日渐强盛。今天我们又迎来一位杰出的首领，他不光是我们部落首领，更是女娲娘娘亲封的人族共主，也是我们上一代首领的儿子——伏羲。”
伏羲站在族人中间，道：“今日我为首领，理当为部落鞠躬尽瘁，”伏羲环视了一下，接着道“今天我看到了大家的能力，也看到了部落的未来，我们必将成为最强盛的部落。”发现族人在聚精会神的听，伏羲继续道“而现在我们缺乏的是凝聚力，和荣誉感，所以我妻女娲为我们部落制作了一个图腾，”着女娲将兽皮展开，“我们的圣母女娲娘娘为人首蛇身，我之前世为人首龙身，所以图腾为人首龙身。”伏羲指指兽皮上的画，又道“我将这个图腾名为道，是人族之道，愿天下苍生，人人如龙，为我伏羲之道。”着伏羲，女娲联手在部落四周的石壁上画下一个个大大的图腾，使图腾首尾相连形成型阵法，维护部落。
其后女娲手持红绣球，对族人道：“今我定阴阳，男为阳，女为阴，阴阳相合为婚。”
以后的日子里伏羲女娲开始了部落发展大计。虽然伏羲还未恢复记忆，但是后世的一些习惯任影响着他。伏羲爱洁净，特设立专门的方便场所，更利用粪土做肥料，养地产粮；伏羲爱吃鱼，发明了渔网，解决了族人的一大口粮问题；伏羲发现族人还在用结绳记事，便教族人利用图画记事。
经过伏羲女娲的努力，华胥部落渐渐成为整个流域最强盛的部落，不少部落前来学习，伏羲身为人族共主的事也渐渐被众多部落接受。又一个好的丰收日，祭祀围着火堆，表达对上天的感谢。伏羲忽然一句“好舞岂能无乐？”便命人找来马尾和木块，当即做了一把瑟，伴着祭祀弹奏了一曲《驾辨》。
忽然听得有人赞道：“好曲！”只见一位道风仙骨的老人自然的站在伏羲对面，“果然好慧根。贫道乃人教教主太上老君，你即为人族共主，当为人教中人。你我当有师徒之缘，现收你为徒，你可愿否？”华胥部落的人听道圣人要收首领为徒，都十分兴奋，兴冲冲的看着首领，等着伏羲的回应。而伏羲现在却一脸的纠结，不知为什么，从心的底部传来一个声音，“不要答应他”好像只要答应了之后，就会失去重要的东西一样，虽然不知会失去什么。但是伏羲决定顺从自己的想法，再三斟酌后，婉转的拒绝道：“多谢圣人垂爱，伏羲不敢当，我为人族共主，当可为人教中人。但圣人之徒，伏羲不敢当，虽伏羲尚未恢复记忆，但伏羲已知自己是上古妖神转世，戴罪之身，当不起圣人垂爱。再这我虽已为人族，但毕竟是女娲娘娘兄长转世，女娲娘娘更为人族之母，不经娘娘法旨，我不敢拜圣人师。”老君细细看着眼前之人，忽然大笑“看来你我师徒之缘浅薄，应当如此。吾当送你一般造化。”完从伏羲身上抽出一道清气，高歌而去。而伏羲被抽走一道清气，当即痛苦的大叫起来，女娲急忙来到伏羲身边，不断用法术治疗，可是什么效果也没有。女娲无奈只得打昏伏羲。
伏羲的灵魂来到真灵处，发现紫气慢慢吸收走信仰之力，一份记忆喷涌而出。伏羲在完全接受了记忆后终于了解了事情原委。
灵魂来自地球，那里有不少关于这里的神话。老君和女娲娘娘的私自行动，导致天道紊乱，灵魂穿越时空而来，又介入天道和鸿钧的争斗，得到了些有用的知识，在灵魂崩溃之际，被轮回隧道吸引，又被伏羲灵魂融合。而太上老君一开始就在伏羲的灵魂里加入了一道太清玄气，为阻碍伏羲妖魂的觉醒，没想到却成全了灵魂。现在太清玄气离开，妖魂觉醒，却又被鸿蒙紫气炼化，成为鸿蒙紫气的养料。老君一开始就算计人族的气运，人族共主的气运。如果伏羲拜老君为师，前有老君的再生之情，后有师徒之义，老君即可分走人族半数气运，又和女娲娘娘了结因果，老君便是货真价实的人教教主，连天道都不能罢免。如果伏羲不拜师，不管是妖魂与人魂谁吞噬谁，伏羲都不能再算纯粹的人族了，而老君就可以废除伏羲的共主地位，另立他人。而现在，老君的借口没有了，伏羲又从记忆里得到真正的圣皇之道。伏羲终于跳出了棋局。
伏羲找来女娲，推荐女娲为华胥部落首领，自己牵上青牛踏上漫漫寻道之路。