刘裕回到京口，扯起了造反的大旗。在东晋，大臣造反几乎是家常便饭，但成功的不多，几乎问题都出现在内部，在这点上，刘裕打算防患于未然，在根本上遏制内部分裂的问题。这就要求他必须建立一支团结和谐的领导核心。
以刘裕的人气，拉起一支队伍完全不是问题，经过慎重思考，刘裕选中了下面几个小伙伴：何无忌、刘毅、刘穆之、刘道轨、朱龄石、王元德、王仲德、孟昶、魏咏之、诸葛长民、辛扈兴、童颜之，总计十一人。
这几乎是东晋最豪华阵容了。其中前面五人最牛气，刘道轨是刘裕的异母弟，随兄长造反，无可厚非。那何无忌和刘毅是怎么和刘裕结识的呢？答案是在赌桌上。
刘裕年轻时好赌，家里没几个钱，赌的还非常大，明明身上只有一个铜板，就敢下一百个铜板的赌注。有一次，刘裕赌输了拿不出钱，和别人争吵，赌坊常客刘毅和何无忌正好在场，两人觉得刘裕这人不错，就帮他垫付了赌钱。就这样，三人成了铁哥们儿。何无忌还有一个身份，刘牢之亲外甥，刘裕能在北府军中顺风顺水，与这层关系密不可分。
魏咏之就比较有意思了，此人其丑无比，参加过很多次公务员考试，但总因为这张脸被刷掉。十八岁那年，魏咏之听到一个好消息：殷仲堪帐下有位神医，可以医治他的“丑病”。魏家世居任城（今山东济宁），距荆州数千里，魏咏之没钱置办盘缠，就揣着一袋米，一路艰辛地到了江陵。
神医果然名不虚传，用“割补之术”把魏咏之变成了帅小伙，但美也是有条件的：一百天内只能喝粥，不许说话嬉笑。（这应该是中国第一例整容手术吧！壮哉我大中华圣手神医！）
虽然手术成功了，大概是后遗症的原因吧，魏咏之的脸仿佛面具一般，毫无神采。为此还遭到桓玄的奚落，魏咏之心里不痛快，就入了刘裕的伙。
王元德、辛扈兴、童颜之都是当时的名士，被派往建业，从事策反活动。因为从事地下工作，此三人的个人资料不多，但都非常敬业，他们直接造成了桓玄集团的大分裂。
刘穆之和朱龄石最后入伙，刘穆之是汉王室刘肥（刘邦庶长子）这支的后人，刘裕开府后，急缺一名主簿（文书），就把刘穆之拉来坐镇。事实证明，刘穆之非常胜任这份案牍工作，为刘裕解决了不少烦心事。
既然一切都准备停当，那就反吧！
公元404年三月初一，刘裕借打猎之名，聚集数百壮士入京口。京口是古徐州的首府，由刺史桓修镇守。刘裕当然清楚，这几百号人绝不是京口守军的对手，于是，他让何无忌身穿朝服，打扮成钦差的模样，把桓修诱骗出城。
桓修刚出城门，就被团团围住，刘裕只一刀便把他解决了。军司马桓弘见桓修迟迟不归，不禁心生疑虑，于是率大军来寻。这个桓弘也是草包一枚，居然被刘裕一番慷慨陈词镇住了。结果刘裕当天晚上就把他黑了。
桓弘一死，刘裕顺利地接管了京口守军（其实不过千余人），在这里，朱龄石投到刘裕麾下。刘裕大喜过望，命刘穆之撰写檄文，正式向桓玄开战。对于刘裕的战书，桓玄内心极为矛盾，他任命桓谦为征讨都督，进军京口，但桓谦请求主动出击时，桓玄又畏首畏尾，严令其扎营覆舟山（又名小九华山，在今南京城东北），不久后又派吴甫之、皇甫敷北上。
也许，这种不伦不类的战略部署最能反映出桓玄的内心感受，军令刚发出，他就自言自语道：“刘裕乃人中龙凤；何无忌颇类刘牢之；刘毅家徒四壁，却能一掷百万，这三人聚到一起，何愁大事不成啊！”
吴甫之所部最先与刘裕碰面。刘裕充分发扬身先士卒的优良作风，大喊着向敌阵冲去，（刘裕的狮吼神功我们是见识过的），结果大败敌军，当场斩杀吴甫之。皇甫敷见状，立即集结重兵，将大喊大叫的刘裕层层包围。
面对重重包围，刘裕毫不惊慌，接连手刃数人。皇甫敷亲自带兵上前，大骂道：“你个作死的叛贼！”说话的工夫，一刀劈下来，却被刘裕挡住。刘裕怒目圆睁，死死盯着皇甫敷，四目相对，居然把皇甫敷吓得肝胆欲裂！（大侠郭靖鏖战金军，怕也不能做到如此吧？）
正在这时，朱龄石及时赶到，与刘裕合力击溃了敌军，情势迥异，皇甫敷反而成了笼中之鸟。当利刃架到脖子上的那一刻，皇甫敷淡定地说：“刘君有天命在身，不是我们凡夫俗子可以阻挡的，我死后，希望你能善待皇甫家子孙！”
这种武将是不可能劝降的，刘裕狠下心，挥刀斩了皇甫敷。
当然，没有不下本钱的买卖，刘裕的损失也不小，比如军司马檀凭之阵亡，檀凭之无子嗣，从子（堂侄）檀祗继承了叔叔的职务。檀凭之还有一个侄子，那就是大名鼎鼎的檀道济。
战报传到建业，桓玄更加着急，于是召见群臣商量对策。桓玄一开口就是：“朕其败乎？”意思是我败了吗？
众臣受了王元德不少好处，都沉默不语，只有吏部郎曹靖之直言道：“如今天怒人怨，臣等真是好怕怕啊！”
“人怨也就罢了，何为天怒？！”
“晋室的宗庙破败不堪，陛下不去祭祀，却任由风吹雨打；大楚的宗庙只到桓公一代，先人能不降罪吗？”
桓玄沉默半响，没话找话地说：“既然知道为嘛不早点进谏？”
这么一说，曹靖之也来火了：“陛下以尧舜自居，臣贸然进谏，那不是找死吗？”
桓玄讨了个大大的没趣，于是赶紧转移话题，商议如何退敌。廷议结果：桓谦与何澹之屯兵东陵；卞范之屯兵覆舟山西，两军互为照应，总计两万余人。
刘裕见桓玄大军集结，心底兴奋非凡，一网打尽，总比到处跑省事。这天，刘裕吃完饭，把军粮锅灶统统丢弃，率众登上覆舟山。刘裕又使出了拿手好戏，在山的四周乱插旗子，大造军营，不知道的，还以为刘裕中彩票了。
这招疑兵之计可谓屡试不爽，桓谦果然上当了，立即向建业讨援兵，结果援兵未到，刘裕就发动了总攻。桓谦部下以北府兵居多，他们见到老领导，心里又惊又怕，都乖乖投降了，剩下的荆州兵也毫无斗志。
刘裕一鼓作气，大破桓谦军，刘裕觉得不解气，命大家到处放火，当时正值东北风正盛，火借风势风助火威，很快把桓玄营地烧成一片灰烬。大火继续蔓延，一直烧到建业外城，桓玄只好充当起救火队长的临时角色。
被火这么一烧，满脸烟尘的桓玄再也不想多待了，一秒也不！当桓谦带着残兵败将回到建业时，桓玄正在忙着搬家，桓谦苦苦劝谏，说御林军尚有八百，足可一战。桓玄懒得和他争辩，当天便带着家当奔赴石头城，后在殷仲文等人的护送下，乘舟返回江陵。
临走前，桓玄对王元德痛下杀手。（看来地下工作不比上火线安全）